普段、乳酸菌などを摂りなれていない方は、一次的に多少ガスが増えるかもしれません。しかし数日もするとおさまってきます。
たとえばSIBO（小腸細菌異常増殖）の人は腸でガスが発生しやすく、乳酸菌や食物繊維をとることで一層ガスが増えることがあります。そのために低FODMAP食を提案する方もいます。低FODMAP食とは発酵性の乳糖や果糖を含む食品を避ける食事法です。
いっけん正しそうにも見えますが、SIBOは大腸にいるべき腸内細菌が小腸に上がってくることが原因で起こる症状であり、小腸から腸内細菌を排除することでSIBOの症状は治まってきます。発酵性の食品を摂らないとむしろ腸内で短鎖脂肪酸が不足して大腸機能を低下させてしまいます。
適度な腸内発酵は、短鎖脂肪酸(酢酸、プロピオン酸、酪酸)がたくさんつくられて、それに伴って水素や二酸化炭素などのガスがつくられますが、水素や二酸化炭素から酢酸をつくる菌も増えてきますので、次第にバランスの取れた状態になります。発生するガスの量が少量ならば腸壁から吸収されてしまいます。
（→腸内細菌がつくる酸とガス）
普段、乳酸菌などを摂りなれていない方は、腸内細菌が慣れるまでは摂る量を減らしたり、数回に分けることでガスの量を減らすことができます。