さて、食加研の長島先生にDGGE法を習いにいった私達ですが

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DGGEの機械(縦に電気泳動するだけなのですが高い)

この方法は、手間がかかる、時間もかかる、綺麗なバンドにするには難しい、
実験のプロの自分たちでも無理だった

→昨日まで学校の先生をやっていたような素人さんは
やめたほうがいいといわれたのですが
(ごもっともです)

でも無理だといわれるとやりたくなる天邪鬼。(*^_^*)

しかも、この方法は変化の違い(結果)がとってもわかりやすい。

たとえば、この図はDGGEができるようになったときにやった実験結果ですが

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DFA3というオリゴ糖を食べさせないラット(C)と
食べさせたラット(D)の腸内フローラです。

代表で、1匹ずつ載せています。

左と右のバンドの全体像を比べると、バンドの様子が違っていますよね~

このバンド1本1本が、1つの腸内細菌に当たります。
同じ位置にあるバンドは同じ菌です。

左右で比べると、赤の3、5、7が増えています。
このとき、DFA3を食べたラットのほうで増えたバンド(菌)(赤7番)が
ルミノコッカス プロダクタスで

これがヒントになって、
嫌気チャンバー(酸素がない場所)で、DFA3を食べるルミノちゃんをとったのでした。

そのお話はこちら

リラ子の長女ルミノちゃんの話①

ヒトでもやりました。

同じくDFA3を、2か月間飲んでくれた人たちの腸内フローラです。
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(A,D、E、Jさんで、0がスタート、2が2か月後です)

上のラットよりもバンドが多くてくちゃくちゃしてますよね。

ラットと違って、ヒトはメジャーな腸内細菌の種類が多いのです。

ヒト同士でくらべると、(A,D、E、Jの0同士)
ちょっと違いますよね~

同じ人の0と2か月でもちょっとバンドの様子が違ったりしています。

 

こんなふうに、ヒト同士は腸内フローラが異なり
同じ人でも、食べ物とかが原因で、変わったりするのです。
次は、一緒に食加研にいってDGGEを習ったスジャーヤ家の図です。

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ブログ書くといったら、送ってくれました。
いい人ですよ~
バリに遊びにいったら、案内してくれますよ~

 

 

 

 

 

 

右から、スジャーヤさん(お父さん)、お母さん、長男、次男です。

次男はまだ赤ちゃんで、お母さんのおっぱいを飲んでいたころなので
腸内フローラができあがっている他の3人とは明らかに違いますね~

一番右端のお父さんとお母さんは、他人なので、少し違いますね。

右から3番目の長男のバンドをみると
お父さんのお母さんのバンドを持っているのがわかります。

胎児でお腹にいるときは無菌状態で
お母さんの産道を通ってきて、
おぎゃーと息をし始めた時に
お母さんの菌が体にはいると聞きましたが
これをみると、ちゃんとお父さん由来の菌も
子供に定着していることがわかります。

世の中のおとうさん、よかったですね~(*^_^*)

これを読んでくださっているみなさんも
スジャーヤ家のように、先祖代々のお父さんとお母さんの菌たちが
お腹にいるのです。
大事に育ててあげてくださいね(^^)/

ということで、長島先生には無理だといわれていましたが
必死に頑張った結果、綺麗なバンドになる方法を開発できて
「すごいな~!」って褒められたのでした。

えっへん(*^_^*)

世間の荒波を乗り越えてきたおばさんの底力ですよね~
20代女子の時ならば諦めていたと思います。

DGGEは見た目の変化はわかりやすいのですが
大変なのは、このバンドを1本1本切ることなんです。

全部切るときは2時間はかかりました。

UVを下から浴びて、バンドを光らせながら
その箱の中に、手袋はしていたけど、
手をいれ、ずっとその怪しげな光をみながら、
2時間切り続けるのです。
もっとしたときもあったような・・・

そんなことを1週間に何度もやっているときもありました。
今なら根気が続きません。

それに、いくら、UVを通さないプラスチックを通してみていても目は疲れるし
手をいれるので、多少UVは漏れていました。
お肌や目には悪いですよね~

ちょっと気がふれてないと無理でしたね~

そしてこのバンドから、DNAを取り出し、それぞれの菌名を調べました。
あのころは、自分のもののようにシーケンサー(DNAを読む機械)を
使っていたので、ガンガン読みまくりました。
(そのころのリラ子は計1億円近くの機械を自分のもののように使っていたのです。

贅沢なお話。冨田先生、浅野先生、横田先生ありがとうございます)

ということで、データがたまりまくり
日本語の論文も書いたことがないのに
英語も苦手にもかかわらず、無謀にも
いきなり英語の論文を書き、
当然文章とかがダメダメで、苦労して直して、
日本で初めてのDGGEで調べたウンチの論文を出したのでした。

その後も調子に乗ってDGGEで実験を続け
結局、ヒトで2本、ラットで3本の論文を書きました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=minamida+asano
(DGGEは4-8番)

そして、これと並行して、胆汁酸の研究も始めたのでした。
その一部はこちら
http://arterio.co.jp/wp/2016/03/08/%E3%83%AA%E3%83%A9%E5%AD%90%E3%81%AE%E9%95%B7%E5%A5%B3%E3%83%AB%E3%83%9F%E3%83%8E%E3%81%A1%E3%82%83%E3%82%93%E3%81%AE%E8%A9%B1%E2%91%A1%EF%BC%8D%E8%85%B8%E5%86%85%E3%82%92%E9%85%B8%E6%80%A7%E3%81%AB/

長島先生の方法も論文化され
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12571054
Nagashima法として
腸内フローラを調べる方法として、企業や研究室で用いられています。
http://www.tecsrg.co.jp/t-rflp/t_rflp_profile.html

論文の謝辞に、Kimiko Minamidaどうもってありますが、
いいえ、こちらのほうこそ、DGGEを教えていただいて
その後もいろいろとお世話になって、今があります。
長島先生もスジャーヤ先生もありがとうございます<(_ _)>

続く